การดำเนินการเกี่ยวกับการค้นคว้าอิสระของภาควิชาการจัดการเทคโนโลยีสารสนเทศ จะแบ่งออกเป็น 5 ขั้นตอนได้แก่
1. MIS Project Day: Prepare Exam หรือ โครงการชี้แจงการทำวิทยานิพนธ์/การค้นคว้าอิสระ
2. MIS Project Day: D-Day Exam หรือ โครงการเสนอกรอบแนวคิดและคัดเลือกอาจารย์ที่ปรึกษา
3. MIS Project Day: Title Exam หรือ โครงการสอบหัวข้อวิทยานิพนธ์/การค้นคว้าอิสระ
4. MIS Project Day: Progressive Exam หรือ โครงการสอบก้าวหน้าวิทยานิพนธ์/การค้นคว้าอิสระ
5. MIS Project Day: Defense Exam หรือ โครงการสอบป้องกันวิทยานิพนธ์/การค้นคว้าอิสระ

1. MIS Project Day: Prepare Exam เป็นโครงการที่จัดขึ้นเพื่อให้นักศึกษาชั้นปีที่ 1 และกำลังจะเริ่มทำการค้นคว้าอิสระทราบถึงรายละเอียดการทำค้นคว้าอิสระ การค้นหางานวิจัย โดยคณะกรรมการประจำหลักสูตรจะแจ้งรายละเอียดความถนัด รวมถึงแจ้งเกี่ยวกับการเตรียมตัวเข้าร่วมโครงการ MIS Project Day: D-Day Exam และตอบข้อซักถามให้กับนักศึกษาทราบ
2. MIS Project Day: D-Day Exam เป็นโครงการที่จัดขึ้นเพื่อให้นักศึกษาที่กำลังจะเริ่มทำการค้นคว้าอิสระได้นำเสนอกรอบแนวคิด หรือแนวทางหัวข้อที่นักศึกษามีความสนใจ โดยต้องนำผลงานวิจัย ผลงานประชุมวิชาการจำนวน 30 ฉบับ แบ่งเป็น ภาษาไทย 20 ภาษาอังกฤษ 10 ฉบับ มาอ้างอิงว่าเคยมีผู้สนใจในเรื่อง/หรือเทคนิค ดังกล่าวแล้วหรือไม่
3. MIS Project Day: Title Exam เมื่อนักศึกษาได้รับเลือกอาจารย์ที่ปรึกษาจากโครงการ MIS Project Day: D-Day Exam ล้วจะดำเนินการติดต่ออาจารย์ที่ปรึกษาเพื่อเตรียมขอเสนอโครงการและแต่งตั้งที่ปรึกษา และเมื่อนักศึกษาขอรับคำปรึกษาจากอาจารย์ที่ปรึกษาการค้นคว้าอิสระไประยะหนึ่ง จนกระทั่ง อาจารย์ที่ปรึกษาการค้นคว้าอิสระเห็นสมควรให้นักศึกษาทำการสอบโครงร่างการค้นคว้าอิสระได้ คณะกรรมการสอบหัวข้อการค้นคว้าอิสระ ประกอบไปด้วย อาจารย์ที่ปรึกษา กรรมการ
4. MIS Project Day: Progressive Exam เป็นการรายงานความก้าวหน้าของงานวิจัยว่า ซึ่งเป็นการรวบรวมสังเคราะห์ผลที่ได้ดำเนินการมา โดยโครงการนี้จะเน้นการผลักดันให้นักศึกษาส่งผลงานเข้างานประชุมวิชาการทั้งในระดับประเทศและต่างประเทศ
5. MIS Project Day: Defense Exam เป็นการสอบจบผลงานวิจัยระดับบัณฑิตศึกษา ซึ่งเป็นการรวบรวมสังเคราะห์ข้อมูลวิจัยที่ได้ดำเนินการมา ซึ่งผู้วิจัยจะต้องรวบรวมความคิดทั้งหมดอย่างเป็นระบบ สามารถตอบคำถามคณะกรรมการสอบในมิติต่าง ๆ ในด้านวิชาการ เนื้อหา และด้านข้อมูลทางสถิติงานวิจัย เป็นต้น
   การสอบป้องกันค้นคว้าอิสระ สามารถสอบได้วันละ 4 คน/วัน
   5.1 เวลาสอบ 08.00 – 10.00 น.
   5.2 เวลาสอบ 10.00 – 12.00 น.
   5.3 เวลาสอบ 13.00 – 15.00 น
   5.4 เวลาสอบ 15.00 – 17.00 น
   คณะกรรมการสอบป้องกันค้นคว้าอิสระ ประกอบไปด้วย
   1. ประธานสอบการค้นคว้าอิสระ (ผู้ทรงคุณวุฒิ มีผลงานตีพิมพ์วารสารมากกว่า 10 เรื่อง และวาสารนานาชาติ ไม่ต่่ำกว่า 5 เรื่อง
   2. อาจารย์ที่ปรึกษา (กรรมการ)
   3. ที่ปรึกษาร่วม (กรรมการ)